세금 Q&A, 사업자 세무 일정
약국 임차료, 인테리어 부가세는 조제(면세)와 일반약(과세) 때문에 어떻게 나눠서 공제받나요?
확인 기준 2026.11.4, 작성/감수 이룡권 세무사
결론부터 조제와 일반약 판매에 같이 쓰여서 어느 쪽 비용인지 가를 수 없는 매입세액은, 총공급가액 중 면세공급가액(조제수입) 비율만큼은 공제받지 못하고 나머지만 공제받습니다. 계산식은 부가가치세법 시행령 제81조 제1항에 있습니다. 일반약 판매에만 쓴 비용처럼 어느 쪽인지 분명한 매입세액은 안분 없이 그 구분대로 처리합니다.
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| 항목 | 내용 (2026-11-04 기준) |
|---|---|
| 조제용역 | 약사법상 약사가 제공하는 의약품 조제용역은 면세(부가령 제35조 제4호) |
| 안분 대상 | 과세와 면세 어느 쪽에 쓴 것인지 구분할 수 없는 공통매입세액(월세, 관리비, 인테리어 등) |
| 계산식 | 공통매입세액 × 면세공급가액 ÷ 총공급가액 = 공제받지 못하는 금액(부가령 제81조 제1항) |
| 안분하지 않는 경우 | 과세기간 총공급가액 중 면세공급가액이 5% 미만(공통매입세액 500만원 이상이면 제외), 또는 공통매입세액이 5만원 미만 |
| 신고 방식 | 예정신고 때는 그 기간 비율로 계산하고 확정신고 때 정산 |
| 면세공급가액 범위 | 면세 공급가액에 면세사업 관련 국고보조금 등을 더한 금액 |
면세 매출 비율만큼은 공제가 안 됩니다
부가가치세법 제40조는 과세와 면세를 함께 하는 사업자의 매입세액은 원칙적으로 실제로 어느 쪽에 쓰였는지에 따라 가르고 가를 수 없는 공통매입세액만 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 나누라고 정합니다. 예를 들어 한 과세기간의 월세 부가세가 합계 300만원이고 조제수입(면세)이 6억원, 일반약과 용품 매출 공급가액이 1억원이라면 면세 비율은 7분의 6입니다. 공제받지 못하는 금액은 약 257만원, 공제받는 금액은 약 43만원입니다. 면세로 쓴 매입의 부가세는 매출세액에서 공제하지 않는다는 원칙(법 제39조 제1항 제7호)과 이어지는 계산입니다.
안분하지 않는 두 가지 경우
시행령 제81조 제2항은 해당 과세기간 총공급가액 중 면세공급가액이 5% 미만이면 공통매입세액을 공제되는 매입세액으로 한다고 정합니다. 단 공통매입세액이 500만원 이상이면 이 예외가 적용되지 않습니다. 그 과세기간의 공통매입세액이 5만원 미만일 때도 안분하지 않고 공제합니다. 조제 비중이 큰 약국은 이 5% 예외에 걸리는 경우가 드뭅니다.
일반약 때문에 신고해야 할 것들
조제만 하는 약국이면 면세사업자이지만 일반약과 용품을 팔면 과세 매출이 생겨 부가세 신고 대상이 됩니다. 이때 면세수입금액도 부가세 신고서에 같이 적으면 그 면세분은 사업장현황신고를 한 것으로 봅니다(소득세법 제78조 제1항 제2호 단서). 약국은 현황신고 불성실 가산세 대상 사업자로 시행령 제147조의2에 열거돼 있으니, 신고서에 조제수입이 빠지지 않았는지 확인하세요. 약국 업종 안내는 약국 세무 안내에 있습니다.
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자주 묻는 질문
인테리어는 한 번 안분하면 끝인가요?
건물이나 구축물은 면적 비율로 정산하는 별도 규정(시행령 제81조 제4항 단서, 제5항)이 있습니다. 개업 초기처럼 과세나 면세 중 한쪽의 공급가액이 없는 기간에는 매입가액 비율, 예정공급가액 비율, 예정사용면적 비율 순서(제4항)로 안분하니 인테리어 시점을 잡고 상담받으세요.
약 매입 세금계산서는 어느 쪽인가요?
조제용 약은 면세 매출과 직접 관련된 매입이라 실지귀속이 분명하면 안분 대상이 아닙니다. 매입 증빙은 조제용과 일반약용으로 나눠 정리해 두세요.
세무법인 서진(서울 여의도). 세무법인 하나(기장/신고), 회계법인 베율(회계 감사/검토), 법률사무소 백화(조세불복/쟁송)를 거쳤습니다. 처음 상담부터 신고까지 직접 확인합니다.
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