조심 2026소1773
가공매입으로 몰린 레미콘 거래, 다시 조사할 수 있나요

주문

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1. 처분개요

가. 청구법인은 건설업 등을 영위하는 법인사업자로서, 2021년 제2기 과세기간에 A 주식회사(대표자는 B으로서, 이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 품목 레미콘, 공급가액 합계 OOO원(공급대가 합계 OOO원)의 세금계산서 5매를 수취한 후, 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다.

나. 남양주세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.9.9.∼2024.10.18. 쟁점거래처에 대한 조사결과, 쟁점거래처가 청구법인에 발급한 세금계산서 중 2021.12.31. 작성한 공급가액 OOO원의 세금계산서 1매(이하 “쟁점세금계산서”라 하고, 관련 거래를 “쟁점거래”라 한다)를 청구법인이 실물거래 없이 수취한 사실과 다른 세금계산서로 보아 처분청에 과세자료를 통보하였고, 이에 따라 처분청은 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 2025.7.1. 청구법인에 2021년 제2기 부가가치세 합계 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 경정ㆍ고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.10.2. 이의신청을 거쳐 2026.3.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장

및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 조사청과 처분청은 청구법인의 소명을 받지 않는 등 부실한 조사를 하였으므로, 이를 근거로 한 이 건 처분은 부당하다.

(가) 조사청은 청구법인이 쟁점거래처에 거래대금을 송금한 사실을 인지하지 못하였다.1) 조사청 조사종결보고서에는 ‘2021년 쟁점거래처가 발급한 세금계산서상 공급대가 합계는 총 OOO원이나, 쟁점거래처 계좌로 입금된 금액은 OOO원’이라고 기재되어 있는데, 청구법인은 2022.1.12. 쟁점거래처에 쟁점세금계산서상 공급대가 OOO원을 포함하여 총 OOO원을 입금한 바 있다.2) 2021년 총 5건의 거래 중 OOO원이 입금된 2건 외 나머지 3건이 2022년도에 쟁점거래처에 입금되었는데, 이 중 쟁점거래만 가공거래로 본 것은 조사가 부실하게 이루어졌음을 보여준다.3) 만약 조사청이 조사 과정에서 청구법인에 소명안내문을 송부하였다면, 이러한 사정을 확인할 수 있었을 것인데, 조사청은 청구법인에 소명안내문을 송부하지 아니하였다.

(나) 처분청은 조사청의 부실한 조사를 근거로 실제 내용 확인 없이 이 건 처분을 하였는바, 이는 부당하다.1) 처분청은 쟁점거래의 입출금내역이 엑셀로 작성되어 있어 실제 입금 여부를 확인할 수 없다는 의견이나, 이는 청구법인이 편의상 제출한 자료에 불과하고, 청구법인은 이 외에도 통장 원본을 제출하였다.2) 처분청은 대금증빙 외에 계약서, 거래명세서, 레미콘 운송증빙 자료 등이 없어 실제 거래 여부를 확인할 수 없다는 의견이나, 이는 레미콘 거래 특성을 간과한 의견이다.가) 레미콘 거래 특성상 현장에서 청구법인이 인수서에 서명(보통 OOO으로 이루어짐)하고, 쟁점거래처가 월별 합계를 정산하여 청구법인에 세금계산서를 발급하며, 청구법인이 쟁점거래처에 입금을 한 후 인수서를 폐기한다.나) 거래명세서는 실거래를 입증하는 필수 서류라고 할 수 없고, 과세관청도 실거래 여부 판단 시 거래명세서를 주요 문서로 보지 아니한다.

(2) 처분청은 청구법인이 쟁점거래처로부터 수취한 여러 개의 세금계산서 중 쟁점세금계산서만 실물거래 없는 사실과 다른 세금계산서로 본 근거를 제시하지 못하고 있다.

(3) 청구법인은 쟁점세금계산서 관련 대금을 쟁점거래처에 입금하였으므로, 실물거래가 있었다고 보아야 한다.

나. 처분청 의견(1) 조사청 조사 시 쟁점거래에 대한 계약서나 거래명세표 등이 확인되지 아니하였고, 쟁점거래처의 대표 B이 쟁점세금계산서를 실물거래 없는 사실과 다른 세금계산서라고 시인한 바 있다.

(2) 처분청은 청구법인에 추가 자료 제출 요청을 하였으나, 청구법인은 계약서, 거래명세표, 레미콘 운송증빙 등 추가 자료를 제출하지 아니하였다.

(3) 쟁점세금계산서는 조사청 조사로 실물거래 없는 사실과 다른 세금계산서로 확정되었고, 청구법인이 이에 대한 자료를 제출하지 못하였으므로, 처분청의 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점쟁점세금계산서를 실물거래 없는 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부나. 관련 법령　(1) 부가가치세법(2025.12.23. 법률 제21218호로 개정되기 전의 것)제32조【세금계산서 등】① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호3. 공급가액과 부가가치세액4. 작성 연월일5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.제60조【가산세】③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트4. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 공급가액의 2퍼센트　(2) 국세기본법제26조의2【국세의 부과제척기간】 ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조제1항제1호에 따른 국제거래(이하 “국제거래”라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.2. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 “부정행위”라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제를 받은 경우 : 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년(역외거래에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 15년). 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 또한 같다.제47조의3【과소신고ㆍ초과환급신고가산세】① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 제9조에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 「농어촌특별세법」에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “과소신고”라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “초과신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고납부세액등”이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우 : 다음 각 목의 금액을 합한 금액가. 부정행위로 인한 과소신고납부세액등의 100분의 40(역외거래에서 발생한 부정행위로 인한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액나. 과소신고납부세액등에서 부정행위로 인한 과소신고납부세액등을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액2. 제1호 외의 경우 : 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액제61조【청구기간】② 이의신청을 거친 후 심사청구를 하려면 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다.(단서 생략)③ 제1항과 제2항 본문의 기한까지 우편으로 제출(제5조의2에서 정한 날을 기준으로 한다)한 심사청구서가 청구기간을 지나서 도달한 경우에는 그 기간의 만료일에 적법한 청구를 한 것으로 본다.제68조【청구기간】② 이의신청을 거친 후 심판청구를 하는 경우의 청구기간에 관하여는 제61조 제2항을 준용한다.제80조의2【심사청구에 관한 규정의 준용】 심판청구에 관하여는 제61조 제3항ㆍ제4항, 제63조, 제65조(제1항 제1호 가목 중 심사청구와 심판청구를 같은 날 제기한 경우는 제외한다) 및 제65조의2를 준용한다. 이 경우 제63조 제1항 중 “20일 이내의 기간”은 “상당한 기간”으로 본다.

(3) 국세기본법 시행령제12조의2【부정행위의 유형 등】① 법 제26조의2 제2항 제2호 전단에서 “대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위”란 「조세범 처벌법」 제3조 제6항에 해당하는 행위를 말한다.

(4) 조세범 처벌법제3조【조세 포탈 등】⑥ 제1항에서 “사기나 그 밖의 부정한 행위”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 확인된다.

(가) 청구법인과 쟁점거래처의 주요 현황은 아래 ＜표1＞과 같다.＜표1＞ 청구법인 및 쟁점거래처의 현황OOO(나) 청구법인은 이 건 2021년 제2기 과세기간동안 쟁점거래처로부터 아래 ＜표2＞와 같은 세금계산서(5매)를 수취하였고, 처분청은 이 중 쟁점세금계산서를 실물거래 없는 사실과 다른 세금계산서로 보았다.＜표2＞ 쟁점세금계산서 내역OOO(2) 쟁점거래처에 대한 조사결과 및 처분청의 이 건 처분 내역은 다음과 같다.

(가) 쟁점거래처에 대한 조사종결보고서는 아래 ＜표3＞과 같다.＜표3＞ 쟁점거래처에 대한 종결보고서(일부)OOO1) 이에 대하여 청구법인은 아래 ＜표4＞와 같이 쟁점거래처로부터 각 세금계산서를 수취한 후 관련 대금을 쟁점거래처에 이체하였으므로 2021년 청구법인이 쟁점거래처로부터 수취한 5개의 세금계산서(공급대가 합계 OOO원)에 대하여 쟁점거래처에 입금한 금액은 총 OOO원인데도 불구하고, 조사청은 청구법인이 쟁점거래처에 OOO원만을 입금하였다고 본 것은 조사청의 청구법인에 대한 조사가 부실하였음을 보여준다고 주장한다.＜표4＞ 세금계산서와 통장거래내역OOO2) 한편, 처분청은 설사 청구법인이 쟁점거래처에 세금계산서 관련 대금을 이체하였다고 하더라도 쟁점거래처와의 계약서, 거래명세표, 레미콘 운송증빙 등을 제출하지 아니하였으므로 쟁점세금계산서를 실물거래 있는 정상세금계산서라고 볼 수 없다는 의견이다.

(나) 쟁점거래처 대표 B의 심문조서는 아래 ＜표5＞와 같은바, 쟁점거래처가 청구법인에 발급한 세금계산서 중 쟁점세금계산서는 실물거래 없는 사실과 다른 세금계산서라고 진술하였다.＜표5＞ 2024.10.15.자 B의 심문조서(일부)OOO(다) 청구법인은 2025.5.26. 처분청에 쟁점세금계산서가 실물거래 있는 정상세금계산서라고 주장하며, 그 소명자료로서 통장거래내역과 거래처 원장을 제출하였는바, 통장거래내역은 위 ＜표4＞와 같고, 2021년 및 2022년 거래처 원장은 아래 ＜표6＞과 같다.＜표6＞ 청구법인이 처분청에 제출한 소명자료OOO이에 대하여 처분청은 위 자료만으로 쟁점세금계산서가 정상세금계산서라고 볼 수 없고, 청구법인이 위 자료 외에 레미콘 공급 관련 계약서, 거래명세표, 레미콘 운송증빙 등의 자료를 제출하지 아니하였으므로 청구주장은 이유없다는 의견이다.

(라) 처분청은 아래 ＜표7＞과 같이 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 청구법인에 2021년 제2기 부가가치세 합계 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 경정ㆍ고지하였다.＜표7＞ 부가가치세 신고내역 및 부가가치세 고지세액OOO(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점거래처의 대표가 실물거래 없이 쟁점세금계산서를 청구법인에 발급하였다고 진술한 반면, 청구법인은 레미콘 공급 관련 계약서, 거래명세표, 레미콘 운송증빙 등 쟁점세금계산서가 정상세금계산서라는 청구주장에 대한 객관적ㆍ구체적 증빙을 제출하지 아니하였으므로, 청구법인이 실물거래 없이 쟁점거래처로부터 사실과 다른 쟁점세금계산서를 수취하였다는 의견이나,원칙적으로 세금계산서가 사실과 다르다는 점에 대한 입증책임은 과세관청에게 있고, 일련의 거래 과정 가운데 특정 거래가 실물거래 없는 명목상의 거래인지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속 주체, 현실적인 재화의 이동 과정, 대가의 지급 관계 등 제반사정을 종합하여 개별적ㆍ구체적으로 판단하여야 하는데(대법원 2012.11.15. 선고 2010두8263 판결, 같은 뜻임),조사청은 쟁점거래처에 대한 조사 시 청구법인이 쟁점세금계산서 관련 대금이라 주장하는 금원을 2022.1.12. 쟁점거래처에 이체한 사정을 확인하지 못하였고, 조사과정에서 쟁점거래처 대표의 진술에 대하여 청구법인에 소명기회를 부여하지 아니한 것으로 보이므로 처분청과 조사청의 조사결과만으로 쟁점세금계산서를 실물거래 없는 사실과 다른 세금계산서로 단정하기 어려운 측면이 있는 점,청구법인은 2021년 제2기 과세기간 동안 쟁점거래처로부터 세금계산서(5매)를 수취하였는데, 이 중 쟁점세금계산서만을 실물거래 없는 사실과 다른 세금계산서로 본 사정에 대하여 쟁점거래처 대표의 진술 외에 다른 자료가 제시되지 아니한 점 등에 비추어, 실제 대가의 지급관계 등을 기초로 한 거래처원장상 미지급계정의 증감 및 쟁점거래처에 이체한 금원의 제반증빙 등을 통하여 청구법인이 이 건 부가가치세 과세기간이 지난 후인 2022년 1월에 쟁점거래처에 이체한 금원이 쟁점세금계산서와 관련된 실지거래대금인지, 계약서, 거래명세표 및 운송증빙 등에 기초하여 청구법인이 쟁점거래처로부터 레미콘을 매입하여 실제 공급한 매출처가 어디인지, 쟁점거래처 대표의 진술에 신빙성이 있는지 등을 확인함으로써 청구법인이 쟁점거래처로부터 실제로 레미콘을 매입하여 이를 매출하였는지 여부를 면밀하게 재조사하여 그 결과에 따라 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.