조심 2026서1147
가족법인끼리 주고받은 거래는 가공거래인가

주문

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2019.4.24. 개업하여 커피 도소매업을 영위하다가 2021년 6월 금속 도소매업으로 업종을 변경하여 사업을 영위 중인 법인이고, A 주식회사, B 주식회사, C 주식회사(이하 “A”, “B”, “C”라고 하고, 3개 법인을 합하여 “관련법인들”이라 한다)는 청구법인과 특수관계법인이다.

나. 청구법인 및 관련법인들은 2021년 제1기～2023년 제2기 과세기간에 수입한 금속원료(산화망간 등)를 중간 도매상을 거쳐 국내 제철소(최종 매출처)에 공급하거나 해외로 수출하는 거래(일련의 거래를 이하 “쟁점거래”라고 한다)를 하면서 각 거래에 대하여 세금계산서를 수수하여 법인세 및 부가가치세를 각각 신고하였다.

다. 원주세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.2.19.부터 2024.7.11.까지 A에 대한 세무조사를 실시한 결과, A는 B의 대표 F이 청구법인 및 관련법인들을 실질적으로 운영하고, A, 청구법인, C는 사업장과 종사직원이 없는 명목상 법인이며, B가 쟁점거래를 실질적으로 수행하였으나, ‘끼워넣기 거래’를 위해 청구법인과 관련법인들 간 사실과 다른 세금계산서를 수수한 것으로 보아 처분청에 과세자료를 통보하였고,이에 처분청은 2025.9.4.부터 2025.10.28.까지 청구법인에 대한 세무조사를 실시하고, 청구법인이 2021년 제1기～2023년 제2기 과세기간에 관련법인들에게 발급한 공급가액 합계 OOO원의 매출세금계산서(이하 “쟁점매출세금계산서”라 한다) 및 관련법인들로부터 수취한 공급가액 합계 OOO원의 매입세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 하고, 쟁점매출세금계산서와 합하여 “쟁점세금계산서”라 한다)를 실물거래 없이 수수한 세금계산서로 보아 2025.12.5. 청구법인에게 아래 ＜표1＞과 같이 2021년 제1기부터 2023년 제1기까지 부가치세를 감액경정 및 경정·고지하였다.＜표1＞ 2021년 제1기～2023년 제1기 부가가치세 경정·고지 내역다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.12.16. 이의신청을 거쳐 2026.1.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장

및 처분청 의견가.청구법인 주장(1) 처분청은 과세목적으로 회계상·현실상 발생할 수 없는 불가능한 거래를 창출하여 과세하였다.

(가) 청구법인은 아래 ＜표2＞와 같이 2022년 제1기부터 2023년 제1기까지 부가가치세 신고 시 OOO원을 매출하고, OOO원을 매입한 것으로 신고하였으나, 처분청은 동 기간 동안 OOO원의 재화를 매입하였으나, 매출은 없는 것으로 경정하였음에도 불구하고 아래 ＜표3＞과 같이 재고자산은 없는 것으로 처분한바, 이는 이론적·현실적으로 발생할 수 없다.＜표2＞ 청구법인 제시 부가가치세 경정·결의 내역＜표3＞ 청구법인 제시 청구법인의 재무상태표 비교1) 처분청의 처분대로 청구법인이 OOO원의 매입만이 존재하고, 그에 따른 매출이 없는 회사라면 정상적인 회사운영이 불가능한 상태를 의미하는바, 매입이 가공이거나 매입에 대응하는 매출이 있어야 한다.또한, 재화를 매입하기 위해서는 OOO원의 매입자금에 대한 자금 원천(매출대금, 이익잉여금, 차입금 등)이 있어야 하나, 처분청의 경정결의서에는 외상매입금 OOO원 외에는 별도의 자금원천이 없으므로 청구법인이 OOO원을 매입하였다는 것은 현실적으로 불가능할 뿐만 아니라 처분청의 처분과도 상호 모순이 발생한다.2) 청구법인이 매입한 산화망간은 부패하지도 않으며, 고가에 판매되는 재화인데, 처분청은 청구법인이 OOO원의 원재료를 매입하고, 아무 이유 없이 기말재고자산이 없는 것으로 보았으며, 이는 OOO원의 재고자산을 아무 이유도 없이 폐기처분하였다고 본 것으로 이는 이론적·현실적으로 발생할 수 없는 영업활동이다.3) 청구법인이 2021.12.22. ㈜D에 매출한 산화망간 OOO원은 처분청이 정상거래로 인정하였으나, 해당 매출은 청구법인이 2021.12.23. 관련법인 A로부터 OOO원에 매입한 것으로, 처분청 조사 결과에 따르면 가공매입 후 정상매출한 것이 되는바 처분 자체가 서로 모순되는 불가능한 거래이다.

(나) 처분청의 2021～2023사업연도 법인세 경정내역에 따르면 아래 ＜표4＞와 같이 청구법인의 과세표준은 OOO원으로 나타나며, 이는 자본금 OOO원의 영세한 소규모 청구법인이 사업을 운영할 자금도 없는 부실법인이 되어 존속할 수도 없는 상태를 의미하나, 실제 청구법인은 계속사업을 할 수 있었고, 이는 쟁점거래가 실질이 있는 정상거래이고, 쟁점거래를 통해 이익이 발생하였기 때문에 가능했던 것이다.＜표4＞ 청구법인 제시 손익계산서 비교(2) 대법원 판례 및 조세심판례에서는 순환거래를 가공거래로 보려면 ① 조세탈루 등 부정한 목적의 거래이거나, ② 실질재화의 유통 없이 거래되거나, ③ 이익의 귀속 주체가 아닌 경우로 한정하고 있는 반면, 청구법인과 관련법인들과의 거래는 세금탈루와 같이 부정한 목적이 없는 거래이므로 실질거래로 보아야 한다.

(가) 청구법인과 관련법인들 간의 거래목적은 매출처의 1사 1납품 요청, 경쟁업체의 진입 방지 등의 사업목적이었고, 앞서 언급한 손익계산서와 재무상태표와 같이 청구법인은 3년간 OOO원의 이익이 발생하였으나, 처분청의 조사 결과는 OOO원의 손실이 발생한 것으로 보아 기납부 법인세 전액(OOO)을 환급해줄 사실을 보면 조세 탈루 등 부정한 목적이 없었음이 확인되며, 은행 대출 또한 없었으므로 분식회계의 필요성 또한 없었다.산화망간 등 실물이 거래단계별로 유통(수입·3자 매입→ 청구법인 및 관련법인들 → 수출·3자매출)된 사실은 세금계산서의 수수 및 대금 지급의 완료로 알 수 있고, 청구법인은 부가가치세 및 법인세를 성실히 신고·납부하였으며, 체납 또한 없었다.

(나) 실질 재화가 거래단계별로 유통되었다는 사실은 청구법인은 매입 OOO원 매출 OOO원으로 경정되었으며, 조사청이 조사한 A가 매입 OOO원, 매출 OOO원으로 경정되었다는 사실을 볼 때 입증된다.

(다) 청구법인은 독자적으로 영리활동을 하였으며, 3년간 순자산이 증가하는 등 이익의 귀속주체임이 재무제표에 의하여 확인되고, 청구법인의 경우 가공거래로 볼 때보다 더 많은 세금을 납부한 반면, 관련법인들과의 거래를 가공거래로 본다면 청구법인은 매입만 있고, 매출은 없는 반면, A는 매입은 없고 매출만 발생하는 것은 직접적으로 관련법인들과의 거래가 실질거래라는 사실을 나타내며, 관련법인들과의 거래로 인한 모든 이익과 채무는 청구법인에게 귀속된 사실이 객관적으로 입증된다.

나. 처분청 의견(1) 청구법인과 관련법인들 간 쟁점세금계산서 거래는 실질거래로 볼 수 없다.

(가) 청구법인은 재무제표가 존재한다는 이유로 청구법인이 독자적 영리활동을 하는 이익의 귀속 주체임을 주장하나, 청구법인은 관련법인들과 구분되지 않는 도관법인에 해당한다.1) 청구법인은 2019년 4월 청구법인의 대표자 F의 형인 E이 음식점으로 개업을 한 뒤 2020년 12월 F으로 대표자를 변경하였으며, 음식점업에 종사하던 직원을 해고하고 그 이후 대표자를 포함한 어떤 직원도 없이 청구법인을 운영해 온 것으로 확인된다. 또한, F은 2019년부터 현재까지 본인이 대표자이자 관련법인들중 하나인 B에서 근로소득을 지급받고 있는 것으로 확인된다.2) 청구법인을 포함한 A, B는 F이 대표자로 재직 중이며, C는 B의 직원인 OOO가 대표자로 재직 중인 바, 청구법인을 포함한 관련법인들 모두 사실상 F의 지배하에 있다.3) 청구법인을 포함한 관련법인들 세금계산서 발행용 컴퓨터의 IP주소, 랜카드 고유번호, CPU 고유번호가 일치하여 한 장소에서 모든 업무가 이루어지는바, 청구법인과 관련법인들은 사실상 같은 법인이다.4) 청구법인은 쟁점거래가 끼워넣기 거래가 아니라고 주장하나, 청구법인은 2024년 사업장소재지 변경전 인천광역시 OOO에 위치하였고, 조사대상기간에 A는 강원도 OOO, B는 인천광역시 OOO, C는 경상남도 OOO에 각 소재하여 원거리에 해당함에도 불구하고 물류 흐름을 증명할 어떠한 서류도 제출하지 못하였다.

(나) 청구법인은 쟁점거래가 일반적인 상거래 목적이라고 하나, 실질이 없는 거래에 해당하므로 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 보아야 한다.1) 조사청의 A에 대한 조사과정 및 처분청의 청구법인에 대한 조사 당시 F의 답변을 종합하면, F은 산화망간 등의 상품을 판매할 국내 아연 제련소의 수가 적어 경쟁사에 납품을 하지 말라는 납품처의 요구를 받아들일 수밖에 없었지만, 자신의 경제적인 판단으로 납품처 모두에게 산화망간을 공급하는 것으로 결정하였으며, 이에 따라 납품처(최종 매출처)에게 수입상을 노출하지 않기 위하여 자신이 지배하고 있는 관계법인들을 중간에 끼워 ‘끼워넣기 거래’를 하고 세금계산서를 수수하였으며, 이는 조사청의 F에 대한 문답서 내용을 통하여 확인되고 있다.＜ F에 대한 문답서 일부 발췌 ＞2) 이는 재화나 용역의 실질적 공급 없이 사업자의 명의만을 이용하여 세금계산서를 수수한 전형적인 도관 거래의 형태로 청구법인은 도관이 아닌 실제 재화나 용역의 공급이 있었음을 증명할 증빙을 전혀 제시하지 않았다.3) 쟁점세금계산서의 거래흐름을 보면 대표자 F이 매입처로 지목한 주식회사 G(이하 “G”이라 한다)에서 매입을 하고, 청구법인을 포함한 관련법인들 간 순환거래 즉, 주고받기 거래를 통해 내부에서 세금계산서를 거래한 후 최종 매출처로 지목한 H㈜, ㈜D에 매출을 하는 흐름이 명확하게 확인되며 이는 대표자 F의 관련법인들 간 거래 의도에 대한 설명과도 일치한다.

(2) 청구법인은 대법원 판례 및 심판례에 따르면, 순환거래를 가공거래로 보려면 ① 조세탈루 등 부정한 목적의 거래이거나, ② 실질재화의 유통 없이 거래되거나, ③ 이익의 귀속 주체가 아닌 경우로 한정하고 있다고 주장하나, 재화의 공급의 실질을 판단하는 기준은 ㉠ 그 소유권이나 처분권의 실질적인 이전을 의미하며, ㉡ 청구법인이 관련법인들과 거래대금을 수수하였다는 사실만으로 쟁점세금계산서를 정상세금계산서로 인정하기는 어려우며, ㉢ 재화를 공급받거나 대금을 지급받고 재화를 공급하는 듯한 외관을 취한 명목상의 거래, 이른바 ‘끼워넣기 거래’ 등은 사실관계에 의해 판단하는 것이므로 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부나. 관련 법률(1) 국세기본법제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

(2) 부가가치세법제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.제60조(가산세) ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조 제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 "세금계산서등"이라 한다)을 발급한 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트3. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급한 경우 : 그 공급가액의 2퍼센트4. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 공급가액의 2퍼센트5. 재화 또는 용역을 공급하고 세금계산서등의 공급가액을 과다하게 기재한 경우 : 실제보다 과다하게 기재한 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트6. 재화 또는 용역을 공급받고 제5호가 적용되는 세금계산서등을 발급받은 경우 : 실제보다 과다하게 기재된 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트④ 사업자가 아닌 자가 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서를 발급하거나 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서를 발급받으면 사업자로 보고 그 세금계산서에 적힌 공급가액의 3퍼센트를 그 세금계산서를 발급하거나 발급받은 자에게 납세지 관할 세무서장이 가산세로 징수한다. 이 경우 제37조 제2항에 따른 납부세액은 0으로 본다.

다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 청구법인의 2021～2023사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서상 표준재무상태표와 표준손익계산서의 재고자산, 차입금 및 매출액 관련 주요 내용은 아래 ＜표5＞와 같다.＜표5＞ 청구법인의 2021～2023사업연도 표준재무상태표와 표준손익계산서의 재고자산, 차입금 및 매출액 내역(나) 청구법인의 2021～2023사업연도 법인세 경정 결의서 주요 내용 및 자본금과 적립금조정명세서(을)의 세무조정 유보소득 계산내용은 아래 ＜표6-1＞ 및 ＜표6-2＞와 같다.＜표6-1＞ 법인세 경정 결의 주요 내용＜표6-2＞ 법인세 경정 결의서 상 자본금과 적립금조정명세서(을) 내용(다) 청구법인의 2021년 제1기～2023년 제1기 부가가치세 경정 결의서상 주요 내용은 아래 ＜표7＞과 같다.＜표7＞ 부가가치세 경정 결의 내용(라) 처분청이 제시한 청구법인과 관련법인들 간 수수한 쟁점세금계산서 내역 및 가공거래 비율은 아래 ＜표8＞ 및 ＜표9＞와 같다.＜표8＞ 쟁점매출세금계산서 내역 및 가공거래 비율＜표9＞ 쟁점매입세금계산서 내역 및 가공거래 비율(마) 국세청 전산자료에 따르면 청구법인과 관련법인들의 사업자등록 내역, 청구법인과 관련법인들의 직원현황, F의 총 사업내역은 각각 아래 ＜표10＞～＜표12＞과 같다.＜표10＞ 청구법인 및 관련법인들의 사업자등록 내역＜표11＞ 2021～2023년 청구법인 및 관련법인들의 급여 지급 내역(바) 청구법인의 대표이사 F은 2025.10.23. 처분청에 출석하여 작성한 조세범칙혐의자 신문조서에는 다음과 같이 기재되어 있는바, F은 청구법인 및 관련법인들의 업무를 관할하고 있으며, 지에스케이디 등이 제시한 ‘1사 1거래처 원칙’ 때문에 청구법인 및 관련법인들을 통해 쟁점거래가 발생하였다는 취지로 진술한 것으로 나타난다.＜F의 조세범칙혐의자 신문조서＞(사) 조사청의 조사종결보고서에는 다음과 같이 기재되어 있다.1) 청구법인은 2019.4.24. F의 형 E이 인천광역시 OOO에서 음식점으로 개업하였으나, 2020.12.24. F으로 대표자를 변경하였고, 2024.6.21. 사업장 소재지를 서울특별시 OOO 내 소호사무실로 이전하며, 주업종을 무역업으로 변경하였고, 2021년 제1기까지는 음식업 관련 매입이 확인되는 반면, 2021년 제2기부터는 관계회사들과의 거래내역이 대부분이며, 직원들도 모두 해고한 것으로 나타난다.한편, F은 2019년부터 현재까지 청구법인의 대표자이나, 청구법인에서 급여를 전혀 지급받지 않고 있으며, B에서 급여를 지급받고 있다.2) F은 청구법인과 관계법인들의 실질적 대표로, 청구법인을 이용하여 실제 매입처인 G에서 산화망간을 매입한뒤, 최종 매출처 사이에 특수관계법인들을 끼워넣어 거래한 사실을 인정하였다.끼워넣기 거래를 한 배경에 대하여 F은 산화망간을 취급하는 제련소가 국내에 드물어 최종 매출처 간 경쟁이 심하였고, 상대 경쟁자에게 산화망간을 공급하지 말라는 업체의 요청을 받아들여 처음에는 한 곳에만 공급을 하였으나, 경제적인 어려움에 따라 판로를 다변화할 필요성을 느끼고 최초 매입처와 거래 경로를 위장하기 위하여 청구법인 및 관련법인들을 끼워 넣어 거래를 하였다고 진술하였다.또한 청구법인 및 관련법인들은 세금계산서 발행용 컴퓨터의 IP주소, 랜카드 고유번호, CPU 고유번호가 일치하여 한 장소에서 청구법인을 비롯한 관련법인들의 모든 업무가 이루어지는 사실상 같은 법인으로 확인된다.청구법인은 관련법인들 간 거래가 가공거래가 아니라고 주장하나, 청구법인과 관련법인들은 원거래 소재 법인임에도 불구하고 실제 재화의 물류 흐름을 증빙할 어떤 서류도 제출하지 않았고, 재화의 인도에 대한 방식에 대해 기억이 안난다고 진술하는 등 실제 거래가 있었다는 사실을 입증하지 못하였으며, 세금계산서와 금융거래내역이 전혀 일치 하지 않는 등 실물거래가 있었다고 볼 수 있을 만한 증빙을 제시하지 못하였다.3) B는 2019.1.28. 인천광역시 OOO에서 개업하여 무역업을 영위하였고, 2025.7.31. 서울특별시 OOO로 이전하였다. B는 2021년 제1기부터 2023년 제1기 기간 동안 청구법인 및 관련법인들에 대한 매출은 23%, 매입은 46%이고, 대표자 F은 최종매출처로 지목한 H(주)에 OOO원(총매출의 56%)을 매출한 것으로 보아 실제 최종매출처에 대한 최종 창구로 보여지나, 청구법인과의 거래에 대해 실제 재화나 용역의 공급이 있었음을 증명할 수 있는 대금거래 내역, 운송장, 계약서 및 견적서 등의 서류가 제출되지 않았고, F의 답변과 청구법인 및 관련법인들의 세금계산서 흐름을 고려할 때, 쟁점세금계산서는 최종 매출자에게 매입처를 위장하기 위한 도관거래로 판단된다.4) C는 2021.7.29. B의 경리담당 직원인 OOO를 대표자로 하여 경상남도 OOO에서 개업하였고, F의 실질적인 지배하에 2021년 제1기부터 2023년 제1기 기간 중 대부분의 매출(75%) 및 매입(76%)은 청구법인과 관련법인들에 집중되어 있으며, 청구법인과의 거래에 대해 실제 재화나 용역의 공급이 있음을 증명할 수 있는 대금거래 내역, 운송장, 계약서 및 견적서 등의 서류가 제출되지 않았고, F의 답변 및 대부분의 매출 및 매입비율을 고려할 때, 청구법인 및 관련법인들 간 거래는 최종매출자에게 매입처를 위장하기 위한 도관거래로 판단된다.5) A는 2021.2.3. 강원도 OOO에서 개업하여 무역업을 영위하였고, 2024.9.3. 서울특별시 OOO으로 이전하기 전까지 강원도 OOO에 소재하였다. 2021년 제1기부터 2023년 제1기 기간 중 대부분의 매출(80%) 및 매입(73%)은 청구법인 및 관련법인들에 집중되어 있으며, 동 거래에 대하여 원주세무서장은 실제 재화나 용역의 공급이 없는 가공거래로 확정하였다.6) D은 2011년 개업하여 2022년 폐업한 금속자원광물 도매업체로, 금융 거래내역과 고가금속인 몰리브덴을 거래하였다는 F의 진술 등에 따라 정상거래로 판단된다.7) G은 2019년 경 개업하여 무역업을 영위하였고, 2021년 제1기부터 2023년 제1기까지의 기간 중 청구법인에 산화망간을 수입하여 공급하였으며, 거래정황, 금융거래 내역 및 수입신고필증 등을 제시한 바, 정상거래로 판단된다.

(아) 청구법인은 H(주)의 직원 I이 2024.10.18. 작성한 사실확인서 및 2024.11.2. J의 직원 K가 작성한 사실확인서를 아래와 같이 제출하였으며, B는 2018년 10월부터 H(주)에게 산화망간을 납품하였고, A는 J에게 2022년 4월경부터 2023년까지 산화망간을 납품하였다는 등의 내용이다.＜H(주)의 직원 I의 사실확인서＞＜J 직원 K의 확인서＞(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「부가가치세법」제39조 제1항 제2호의 사실과 다르게 적힌 세금계산서란 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 의미하는 것이고(대법원 1996.12.10. 선고 96누617 판결 참조), 납세의무자가 주장하는 세금계산서에 기재된 공급자와의 거래가 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는, 세금계산서에 기재된 공급자와 거래를 실제로 하였다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있는 것이다(대법원 2009.8.20. 선고 2007두1439 판결 참조).(나) 청구법인은 처분청이 과세목적으로 회계상·현실상 발생할 수 없는 불가능한 거래를 창출한 것일뿐, 청구법인과 관련법인들과의 거래는 조세탈루 등 부정한 목적이 없는 거래이므로 쟁점거래를 실지거래로 보아야 한다고 주장한다.그러나, 청구법인과 관련법인들은 모두 F이 대표자 또는 실질 소유자로서 지배하는 법인들로서, 청구법인은 2022년 이후 급여를 지급한 직원이 없고, 대표이사 F도 청구법인이 아닌 B로부터 급여를 지급받는 등 B의 직원이 청구법인의 직원으로 중복하여 근무하면서 F의 지시에 의해 쟁점세금계산서를 수수하였으며, 쟁점세금계산서가 IP주소, 랜카드 및 CPU 고유번호가 동일한 컴퓨터에서 발급되는 등 청구법인이 관련법인들과 독립적으로 운영되었다고 보기 어려운 점, 청구법인과 관련법인들은 OOO, OOO, OOO 등 원거리에 각각 소재하였음에도 재화의 인도를 확인할 수 있는 운송장, 입출고 내역 등이 제시되지 아니하였고, 설령 운임 절감을 위해 실물 이동을 생략하였다 하더라도 재화의 보관장소나 인도지시 내역 등 재화의 소유권이나 처분과 관련한 자료도 제시되지 아니하였으며, F은 인도방식의 비율 등을 기억하지 못한다고 진술하고 처분청의 운송내역 제출 요청에도 응하지 아니한 점, 청구법인의 2021년 제1기부터 2023년 제1기까지의 매출 OOO원 중 2021년 제1기 D에 대한 매출 OOO원을 제외하고는 전부 관련법인들에 대한 매출로 나타나는바, 이러한 거래구조는 복잡한 거래를 통하여 최종 매출처에 최초 매입처와 거래경로를 노출하지 않기 위함이라는 F의 진술과 부합하는 점, 우리 원은 동일한 거래구조에서 A가 관련법인들과 수수한 세금계산서에 대하여도 실물거래 없이 수수한 사실과 다른 세금계산서로 판단(조심 OOO)한 점, 청구법인은 최종 매출처 직원들의 사실확인서를 제시하였으나, 이는 경쟁사와의 거래제한 요구 및 최종 매출처와 B 등 사이의 납품 사실에 관한 것에 불과하여 청구법인과 관련법인들 간의 재화 공급 사실을 입증하는 자료로 보기 어렵고, 그 외 쟁점거래가 실제 거래임을 입증할 만한 구체적이고 객관적인 증거자료가 제시되지 아니한 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점세금계산서를 실지 거래 없이 발급·수취한 사실과 다른 세금계산서로 보아 청구법인에게 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

참조결정: 조심2025서0797