조심 2026소1577
체납 후 폐업한 인력업체에서 받은 세금계산서의 매입세액 공제

주문

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가.청구법인은 전북특별자치도 OOO 소재에서 OOO 제조업을 영위하는 법인으로, 2019년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세기간에 (유)A(이하 “쟁점거래처”라 한다)으로부터 인력을 공급받는 것으로 하여 공급가액 합계 OOO원의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 하고, 관련 거래를 “쟁점거래”라 한다)를 수취하고, 2019년 제1기 및 제2기 부가가치세 신고 시 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하고 2019사업연도 법인세 신고 시 관련 매입액을 손금에 산입하였다.

나. 용산세무서장은 쟁점거래처에 대한 부가가치세 세목별 조사를 실시한 결과, 쟁점거래처를 실체 없는 자료상 업체로 보아 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 확정하여 과세자료를 통보하였고, 이에 처분청은 ① 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하는 한편, ② 해당 매입액 상당의 인력공급은 있었던 것으로 보아 손금은 인정하되 증명서류 수취 불성실 가산세(2%)를 적용하여 2025.11.21. 청구법인에게 2019년 제1기 및 제2기 부가가치세 합계 OOO원과 2019사업연도 법인세 OOO원을 각 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2026.2.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장

및 처분청 의견가.청구법인 주장청구법인이 수취한 쟁점세금계산서상 매입세액은 「부가가치세법」 제38조 제1항 제1호에 따른 ‘공제하는 매입세액’에 해당하고, 청구법인은 용역을 공급받고 쟁점세금계산서를 수취한 경우에 해당하므로, 부가가치세 및 법인세(증명서류 수취 불성실 가산세)를 부과한 이 건 처분은 모두 취소하여야 한다.

(1) 청구법인은 용산세무서에서 쟁점거래처에 대한 부가가치세 세목별조사를 통해 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서로 확정된 것을 전혀 알지 못하였다.

(2) 청구법인은 2025.7.1. 부가가치세 해명자료 제출 안내에 따라 ‘납세자 의견 및 증빙자료 일체’를 2025.7.24. 처분청에 제출하였는데, 처분청은 실제 용역을 제공받은 사실은 인정하여 「법인세법」에 따른 손금에는 산입하되 소위 기계적으로 용산세무서에서 자료 통보된 사실과 절충하여, 사실과 다른 세금계산서에 따른 매입세액 불공제 및 증명서류 수취 불성실 가산세를 고지하였다.

(3) 실제 용역을 제공받은 사실이 인정되었다면 형식적으로 용산세무서에서 자료통보된 사실이 있더라도 선의의 청구법인은 실질우선에 따라 쟁점세금계산서에 대하여 매입세액 공제 및 적격증빙으로 인정되어야 한다.

(4) 청구법인은 산업단지 내 유사업체로부터 쟁점거래처를 소개받았고 적절한 내부 검토 및 외부 조율을 거쳐 정당하게 계약을 체결하였으며, 2019사업연도 동안 특별한 안전사고 등 없이 계약을 종료하였고 정산 및 대금지급 등 거래수반 행위 역시 적법하게 완료하였다.

(5) 적법한 거래에 대하여 쟁점거래처의 사정으로 인해 청구법인이 피해를 입는 것은 부당하고, 청구법인이 쟁점거래처와 거래한 2019사업연도에 세법상 어떠한 문제가 있는지도 의문이다.

나. 처분청 의견(1)청구법인이 쟁점법인으로부터 수취한 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로 관련 매입세액을 불공제하여 고지한 처분은 적법하다.

(가) 용산세무서에서 실시한 부가가치세 조사 결과 쟁점거래처는 인력을 공급할 자력이 없는 페이퍼컴퍼니로서 거래처의 적격증빙을 만들기 위해 설립된 전형적인 자료상으로 조사되었고, 2019년에 발행한 매출세금계산서 OOO원 전부 가공거래로 확정되어 「조세범 처벌법」에 따라 고발조치되었다.

(나) 쟁점거래처는 인력공급업을 목적으로 설립되었으나 인력모집 경위가 불분명하고 인력공급 후 단기에 고액을 체납하고 폐업하는 등의 동일한 패턴을 보이는 법인들과 세금계산서 발급 IP주소 및 MAC 주소가 같으며, 청구법인이 소명자료로 제출한 용역근무자들의 출퇴근기록부와 근태관리자료의 외국인 근로자들(B, C, D, E, F)은 인력제공자인 쟁점거래처의 일용근로지급명세서 제출 명세에 없는 근로자들이다.

(2) 이 건 법인세(증명서류 수취 불성실 가산세)를 부과한 처분은 적법하다.

(가) 청구법인의 거래상대방인 쟁점거래처는 실제 인력을 공급할 자력이 없는 법인으로 쟁점세금계산서를 실제 인력을 공급받고 수취한 정상세금계산서로 인정하기 힘든 정황임에도, 처분청은 청구법인의 업종이 기피업종으로 인력수급이 어려워 외국인 노동인력에 의존해야 하는 실정과 불법체류 노동자들로 인해 적격증빙을 수취하기 힘든 업계 상황을 고려하여 실제 인력을 공급받았다고 주장하는 외국인 근로자들의 인적사항이 확인되지 않았음에도 청구법인의 어려움을 적극적으로 수용한 것이다.

(나) 청구법인이 제출한 용역근무자들의 근무사진의 진위여부는 용역제공일로부터 상당기간이 경과한 현재시점에 확인이 불가하고, 제시한 근무사진상 인력이 쟁점거래처로부터 제공받은 인력인지 여부도 불분명하나, 2019년 귀속 일용근로지급명세서상 외국인 노동자가 없는 점과 앞서 언급한 외국인 노동인력에 의존해야 하는 업계 상황 등 청구법인이 호소하는 어려움을 수용하여, 쟁점거래처가 제공한 인력이 아닌 다른 외국인 인력을 고용하였다고 가정하더라도 인적사항을 제시하지 못하고 적격증빙을 갖추고 있지 않은 것에 대하여 증명서류 수취 불성실 가산세를 부과한 것이다.

(3) 청구법인은 사실에 부합하는 세금계산서를 수취한 선의의 피해자라고 주장하나, 청구법인이 거래단계에서 주의의무를 다한 것으로 볼 수 없다.

(가) 청구법인은 쟁점거래처로부터 인력을 공급받았음을 입증하기 위하여 ‘G’과의 청구서 수발신 내역을 제출하였으나, G은 쟁점거래처의 직원으로 등록되어 있지 않으며, 쟁점거래처와 동일 패턴의 자료상 형태를 띈 (유)H의 조세범칙 조사결과 거래대금 정산 및 세금계산서 발급 업무를 수행한 공범으로 고발된 바 있다.

(나) 청구법인은 쟁점거래처와의 거래증빙으로 G과의 메일 수발신 내역을 제출한 것과 같이 (유)H의 범칙조사 당시에도 그 거래증빙으로 G과의 메일 수발신 내역을 제출한 것으로 확인된다.

(다) 청구법인은 G이 2019년과 2020년에 연도별로 각각 다른 법인 명의로 세금계산서를 발급하였다는 것을 인지하였음에도 거래상대방의 정상사업자 여부를 확인하지 않는 등 주의의무를 다한 것으로 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가.쟁점쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분의 당부나.관련 법률(1)부가가치세법제9조(재화의 공급) ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호3. 공급가액과 부가가치세액4. 작성 연월일5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.제60조(가산세) ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.4. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 공급가액의 2퍼센트(2) 법인세법제75조의5(증명서류 수취 불성실 가산세) ① 내국법인(대통령령으로 정하는 법인은 제외한다)이 사업과 관련하여 대통령령으로 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조 제2항 각 호의 어느 하나에 따른 증명서류를 받지 아니하거나 사실과 다른 증명서류를 받은 경우에는 그 받지 아니하거나 사실과 다르게 받은 금액으로 손금에 산입하는 것이 인정되는 금액(건별로 받아야 할 금액과의 차액을 말한다)의 100분의 2를 가산세로 해당 사업연도의 법인세액에 더하여 납부하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단(1)청구이유서, 처분청 답변서 및 국세청 통합전산망(NTIS) 자료 등의 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 2011.1.21. 서울특별시 OOO호 소재지에서 전자제품·세라믹 제조업 등을 영위할 목적으로 설립된 법인으로, 2026.2.1. 사업장 소재지를 전북특별자치도 OOO층으로 이전하였다.

(나) 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서의 상세내역은 아래 ＜표1＞과 같다.＜표1＞ 쟁점세금계산서 상세내역OOO(다)용산세무서장은 2024.5.22.부터 2024.8.11.까지 쟁점거래처에 대한 부가가치세 세목별 조사를 실시한 결과, 아래 ＜표2＞와 같이 쟁점거래처의 매입·매출 모두 가공세금계산서로 확정하여 「조세범 처벌법」 위반 혐의로 쟁점거래처 및 실행위자 I을 고발한 것으로 나타난다.＜표2＞ 쟁점거래처 조사보고서상 주요내용OOO(라) 처분청은 용산세무서장으로부터 과세자료를 통보받은 후 청구법인에게 과세자료 해명안내문을 발송하여 청구법인이 제출한 증빙자료 등을 검토한 결과, 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하나 청구법인이 쟁점거래처 소속이 아닌 다른 외국인 인력을 제공받았다고 보아, 아래 ＜표3＞과 같이 ① 쟁점세금계산서상 매입세액은 불공제하는 한편 ② 관련 매입액에 대하여 손금은 인정하되 증명서류 수취 불성실 가산세(2%)를 적용하여 청구법인에게 2019년 제1기∼2019년 제2기 부가가치세 합계 OOO원 및 2019사업연도 법인세 OOO원을 각 경정·고지하였다.＜표3＞ 부가가치세 신고 및 경정 내역OOO(마)처분청은 청구법인이 아래 ＜그림1＞과 같이 쟁점거래처와의 거래사실 확인을 위해 ‘G’과의 청구서 수발신 내역을 제출하였는데, 이후 (유)H(청구법인은 쟁점거래 이후 2020년 제1기 및 제2기에 공급가액 OOO원의 세금계산서 수취)의 범칙조사 당시에도 거래증빙으로 ‘G’과의 이메일 수발신 내역을 제출하는 등 G이 연도별로 각각 다른 법인 명의로 세금계산서를 발급한 것을 인지하였음에도 쟁점거래처의 정상사업자 여부 등 주의의무를 다하지 않았으므로 선의의 거래당사자로 볼 수 없다는 의견이다.＜그림1＞ 조사당시 청구법인이 제출한 이메일 수신내역OOO(바) 용인세무서에서 실시한(유)H의 조사보고서에 의하면, G에 대하여 (유)H의 거래처 다수에서 (유)H의 담당자라고 거래사실 확인서 제출하였고, 거래처와 주고받은 (유)H의 이메일 계정이 G의 이메일 주소(OOO)로 확인되며, (유)H의 대금정산, 대금청구, 월별근태관리, 세금계산서 발급 업무를 담당하고 현금출금 및 전달책 역할도 수행한 것으로 나타나는 등의 사유로 용인세무서장은 G을 거짓세금계산서 발급 업무를 수행한 공범으로 확정하여 고발조치한 것으로 나타난다.

(2) 청구법인은 쟁점세금계산서는 정상세금계산서에 해당하고, 선의의 거래당사자에 해당한다고 주장하며 아래와 같은 증빙자료를 제출하였다.

(가) 청구법인과 쟁점거래처 간 작성한 인력공급 도급계약서 주요 내용은 아래 ＜표4＞와 같다.＜표4＞ 도급계약서OOO(나)청구법인은 용역근로자들(B, C, D, E, F)의 월별 출퇴근 기록부와 근무사진을 아래 ＜그림2＞·＜그림3＞와 같이 제출하였다.＜그림2＞ 출퇴근 기록부(예시)OOO＜그림3＞ 근무현장 사진OOO(다)청구법인은 쟁점거래에 대한 증빙으로, 아래 ＜그림4＞·＜그림5＞와 같이 매월 청구서와 관련하여 G으로부터 받은 이메일(e-mail) 수신내역을 제출하였다.＜그림4＞ 이메일 수신내역(예시)OOO＜그림5＞ 용역비 청구서(예시)OOO(라)청구법인은 쟁점거래와 관련하여 쟁점거래처에 정상적으로 대금을 입금하였다고 주장하며, 아래 ＜표5＞와 같이 계좌거래내역 및 입금확인증을 제출하였다.＜표5＞ 계좌거래내역OOO(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점세금계산서는 실물거래를 동반한 정상세금계산서이고, 쟁점세금계산서를 수취함에 있어서 주의의무를 다한 선의의 거래당사자에 해당한다고 주장하나,용산세무서장의 쟁점거래처에 대한 조사결과에 따르면, 쟁점거래처는 사업장의 실체 및 인력모집 경위가 불분명하고 단기간에 고액의 매출을 발생시키고 관련 세금을 체납한 후 폐업하는 등의 사유로 전부 자료상으로 확정되어 고발된 것으로 나타나는바, 청구법인이 쟁점거래처로부터 직접 인력을 공급받은 것으로 보기 어려운 측면이 상당하므로 쟁점세금계산서는 정상세금계산서에 해당한다고 보기 어렵다.한편, 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서를 교부받았다고 하더라도, 공급받는 자가 공급자의 명의위장 사실을 알지 못하였고, 알지 못한 데에 과실이 없다는 사정을 이를 주장하는 자가 상당한 입증을 한 경우 예외적으로 선의의 거래당사자로 인정할 수 있다할 것(대법원 2002.6.28. 선고 2002두2277 판결, 같은 뜻임)인데,이 건의 경우 청구법인은 산업단지 내 유사업체로부터 쟁점거래처를 소개받아 거래한 것이라고 주장하면서 G으로부터 받은 청구서 등 이메일 수신내역만을 제시할 뿐, 쟁점거래처의 사업장을 방문하거나 대표자를 확인하는 등 쟁점거래처가 정상적으로 인력을 공급하는 업체인지에 대하여 확인하지 아니한 것으로 보이는 점, 청구법인은 쟁점거래 이후 (유)H과의 거래에서도 G으로부터 청구서 등 이메일을 주고받은 것으로 나타나는 등 쟁점거래처의 정상사업자 여부 등을 의심할만한 충분한 사정이 있었다고 보임에도 쟁점거래의 실사업자나 인력 등의 공급자와 세금계산서 발급자의 일치 여부 등을 확인하지 않은 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구법인을 선량한 관리자로서의 주의의무를 다한 선의의 거래당사자에 해당한다고 인정하기 어려워 보인다.따라서, 처분청이 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하고 증명서류 수취 불성실 가산세 등을 적용하여 청구법인이게 이 건 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.