세금 Q&A, 법인 운영/법인전환
법인전환 이월과세 받고 5년 안에 주식을 넘기면 양도세를 다시 내나요?
확인 기준 2026.11.6, 작성/감수 이룡권 세무사
결론부터 네. 법인 설립등기일부터 5년 안에 법인전환으로 받은 주식의 50% 이상을 처분하거나 법인이 넘겨받은 사업을 접으면 미뤄 둔 양도소득세를 대표 본인이 내야 합니다. 기한은 그 일이 생긴 달의 말일부터 2개월입니다. 자녀에게 증여하는 것과 유상감자도 처분에 들어가니 지분을 움직이기 전에 설립등기일부터 확인하세요.
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| 항목 | 내용 (2026-11-06 기준) |
|---|---|
| 지켜야 하는 기간 | 법인 설립등기일부터 5년(조세특례제한법 제32조 제5항) |
| 다시 내는 경우 1 | 법인전환으로 받은 주식이나 출자지분의 50% 이상을 처분(같은 항 제2호) |
| 다시 내는 경우 2 | 법인이 넘겨받은 사업을 폐지(같은 항 제1호). 넘겨받은 사업용고정자산의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 쓰지 않아도 폐지로 봄(시행령 제29조 제6항) |
| 처분에 들어가는 것 | 매매, 증여 같은 무상이전, 유상감자, 무상감자(시행령 제29조 제7항) |
| 누가 언제 내나 | 이월과세를 받은 개인이 사유가 생긴 달의 말일부터 2개월 안에 양도소득세로 납부 |
| 내는 금액 | 이월과세액에서 법인이 이미 낸 세액을 뺀 금액 |
이월과세는 미뤄 둔 세금입니다
개인사업자가 사업용 부동산을 현물출자나 사업양수도로 법인에 넘기면 원래는 그때 양도소득세가 나옵니다. 이월과세를 신청하면 개인에게는 세금을 매기지 않고 법인이 나중에 그 자산을 팔 때 같은 금액을 법인세로 냅니다(조세특례제한법 제2조 제1항 제6호, 제32조 제1항).
세금이 없어지는 제도가 아니어서 법은 5년 동안 조건을 붙여 두었습니다. 그 안에 사업을 접거나 주식을 넘기면 사업 형태만 바꾼 것으로 보기 어렵다고 보고 미뤄 둔 세금을 개인에게 다시 물립니다.
어떤 일이 생기면 다시 내나요?
법인 설립등기일부터 5년 안에 아래 둘 중 하나가 생기면 이월과세를 받은 개인이 양도소득세를 내야 합니다(조세특례제한법 제32조 제5항).
- 법인이 개인에게서 넘겨받은 사업을 폐지하는 경우
- 개인이 법인전환으로 받은 주식 또는 출자지분의 50% 이상을 처분하는 경우
사업을 계속하고 있어도 폐지로 보는 때가 있습니다. 법인이 넘겨받은 사업용고정자산의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 쓰지 않으면 사업 폐지로 봅니다(시행령 제29조 제6항). 법인이 파산해 자산을 처분한 경우, 법인세법 제44조 제2항에 따른 합병이나 제46조 제2항에 따른 분할 같은 방법으로 처분한 경우, 회생절차에서 법원 허가를 받아 처분한 경우는 여기서 빠집니다.
증여나 감자도 처분인가요?
처분에는 파는 것만 들어가지 않습니다. 시행령은 유상이전, 무상이전, 유상감자, 무상감자를 모두 처분에 넣었습니다(시행령 제29조 제7항). 자녀에게 주식을 증여해도 받은 주식의 50% 이상이면 추징 사유가 됩니다. 주주들의 지분 비율대로 균등하게 소각하는 감자는 제외됩니다.
처분으로 보지 않는 경우는 같은 항에 여섯 가지로 정해져 있습니다.
- 이월과세를 받은 사람이 사망하거나 파산해 주식이 넘어가는 경우
- 법인세법 제44조 제2항에 따른 합병, 제46조 제2항에 따른 분할로 처분하는 경우
- 주식의 포괄적 교환, 이전이나 주식의 현물출자로 과세특례를 적용받으면서 처분하는 경우
- 회생절차에서 법원 허가를 받아 처분하는 경우
- 법령상 의무를 이행하려고 처분하는 경우
- 가업 승계 목적으로 증여했고 받은 사람이 증여세 과세특례(조세특례제한법 제30조의6)를 적용받은 경우
마지막 경우에는 주식을 받은 사람이 의무를 이어받습니다. 5년을 셀 때는 증여한 사람이 들고 있던 기간을 합쳐서 계산합니다(시행령 제29조 제8항).
취득세는 따로 봐야 합니다
법인전환 때 법인이 내는 취득세도 50%를 줄여 주는 규정이 있습니다. 2027년 12월 31일까지 취득하는 사업용 고정자산이 대상이고 부동산 임대 및 공급업은 빠집니다(지방세특례제한법 제57조의2 제4항).
이쪽도 5년 조건이 붙는데 세는 날이 다릅니다. 양도소득세 이월과세는 법인 설립등기일부터, 취득세는 취득일부터 5년입니다. 그 안에 정당한 사유 없이 사업을 폐업하거나 그 재산을 처분(임대 포함)하거나 주식을 처분하면 줄여 준 취득세를 추징합니다. 두 날짜를 나란히 적어 두고 늦은 쪽을 기준으로 움직이는 편이 안전합니다.
처음 받을 때 요건이 맞았는지도 중요합니다
5년을 잘 지켜도 처음부터 요건이 안 맞았다면 이월과세 자체가 배제됩니다. 새 법인의 자본금은 종전 사업장의 순자산가액 이상이어야 합니다(조세특례제한법 제32조 제2항, 시행령 제29조 제5항). 법인전환 직전에 사업용 부동산을 담보로 낸 대출을 개인 용도로 쓰고 그 빚을 법인에 넘긴 사건에서, 조세심판원은 그 빚을 순자산가액 계산에서 빼야 한다고 보았고 이월과세가 배제됐습니다. 결정 내용은 판례 분석: 조심 2024부5200에 정리했습니다.
함께 보면 좋은 질문
자주 묻는 질문
5년이 지나면 미뤄 둔 양도세는 없어지나요?
없어지지 않습니다. 5년이 지난 뒤에는 개인에게 추징하지 않을 뿐이고 법인이 그 자산을 팔 때 이월과세액을 법인세로 냅니다(조세특례제한법 제2조 제1항 제6호). 주식을 팔아서 생긴 차익에 대한 세금은 이와 별개로 계산합니다.
대표가 사망해서 주식이 상속되면 추징되나요?
이월과세를 받은 사람이 사망해 주식이 넘어가는 경우는 처분으로 보지 않습니다(조세특례제한법 시행령 제29조 제7항 제1호).
법인이 넘겨받은 건물 일부만 팔면요?
넘겨받은 사업용고정자산의 2분의 1에 못 미치면 사업 폐지로 보지는 않습니다. 다만 법인이 판 자산에 걸려 있던 이월과세액은 법인세로 내야 합니다. 2분의 1 이상이면 5년 안에서는 사업 폐지로 보아 개인에게 추징됩니다(시행령 제29조 제6항).
설립등기일은 어디서 확인하나요?
법인 등기사항증명서의 회사성립연월일에서 확인합니다. 지분 이전이나 감자를 계획하고 있다면 이 날짜와 부동산 취득일을 먼저 적어 두세요.
세무법인 서진(서울 여의도). 세무법인 하나(기장/신고), 회계법인 베율(회계 감사/검토), 법률사무소 백화(조세불복/쟁송)를 거쳤습니다. 처음 상담부터 신고까지 직접 확인합니다.
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법인전환 직전에 사업용 부동산을 담보로 대출을 받아 개인 용도로 쓰고 그 빚을 법인에 넘겼다가 이월과세가 통째로 배제된 사건입니다. 이월과세는 새 법인의 자본금이 종전 사업장의 순자산가액 이상이어야 받는데(조세특례제한법 제32조 제2항, 시행령 제29조 제5항), 심판원은 순자산가액을 셀 때 넣는 부채를 사업과 직접 관련된 것으로 한정했습니다. 그 빚을 빼고 다시 세니 자본금이 순자산가액에 못 미쳤고 과소신고가산세도 그대로 유지됐습니다. 현물출자 기준일 앞뒤로 새로 낸 차입금은 어디에 썼는지 통장 흐름으로 설명할 수 있어야 합니다.