세금 Q&A, 사업자 세무 일정
폐기물 수집운반 업체의 용역은 부가세 면세인가요? 사업장폐기물도 면세인가요?
확인 기준 2026.11.4, 작성/감수 이룡권 세무사
결론부터 면세는 허가받은 사업자가 생활폐기물이나 의료폐기물을 수집, 운반, 처리하는 용역으로 정해져 있습니다. 부가가치세법 시행령 제35조 제12호가 이렇게 열거하므로, 사업장에서 나온 폐기물을 처리해 주는 용역은 그 목록에 이름이 없습니다. 국세청도 2013년 회신(부가가치세과-264)에서 사업장생활계 폐기물 수집운반업 허가를 받은 사업자가 지자체와 위탁계약을 맺고 처리 대행 용역을 한 경우는 면세에 해당하지 않는다고 답했습니다.
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한눈에 보기
| 항목 | 내용 (2026-11-04 기준) |
|---|---|
| 면세 용역 | 폐기물관리법 제25조에 따라 허가받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 또는 의료폐기물의 수집, 운반 및 처리용역(부가가치세법 시행령 제35조 제12호) |
| 재활용 용역 | 폐기물처리시설 설치승인이나 신고를 한 사업자가 공급하는 생활폐기물의 재활용용역도 포함 |
| 목록에 없는 것 | 사업장에서 나온 폐기물을 처리하는 용역은 제12호에 이름이 없음 |
| 국세청 회신 | 부가가치세과-264(2013.3.22): 사업장생활계 폐기물 수집운반업 허가자가 지자체 위탁으로 처리를 대행해도 면세에 해당하지 않음 |
| 면세일 때 | 세금계산서 대신 계산서를 발급하고 관련 매입세액은 공제되지 않음(부가가치세법 제39조 제1항 제7호) |
조문이 정한 범위
시행령 제35조는 면세되는 의료보건 용역을 나열하는데 제12호가 폐기물관리법 제25조에 따라 생활폐기물 또는 의료폐기물의 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 수집, 운반 및 처리용역을 면세로 정합니다. 같은 호는 폐기물처리시설의 설치승인을 받거나 설치신고를 한 사업자가 공급하는 생활폐기물의 재활용용역도 포함합니다. 면세는 열거된 범위만 해당하므로, 사업장에서 배출한 폐기물을 수집, 운반, 처리해 주는 용역은 이 호만으로는 면세가 되지 않습니다.
허가 종류와 거래 상대부터 확인하세요
2013년 회신의 사안은 사업장생활계 폐기물 수집운반업 허가를 받은 업체가 구청과 위탁계약을 맺고 폐기물 처리를 대행하며 부가세를 포함해 위탁용역비를 받은 경우였습니다. 국세청은 사실관계가 불분명해 명확한 답을 드리기 어렵다고 전제하면서도, 이 경우는 면세에 해당하지 않는다고 했습니다. 허가증에 적힌 폐기물 종류와 계약서의 처리 대상을 같이 놓고 보아야 합니다. 폐기물 수집운반만 하는 경우의 면세 범위는 허가 종류에 따라 달라질 수 있어 단정하지 않습니다.
면세와 과세를 잘못 나누면
면세 용역이면 세금계산서가 아니라 계산서를 발급하고(소득세법 제163조), 그 용역에 쓴 차량과 장비의 매입세액은 공제하지 못합니다(부가가치세법 제39조 제1항 제7호). 과세 용역을 면세로 처리하면 매출세액이 빠지고 상대방도 매입세액공제를 받지 못하게 됩니다. 반대로 면세 용역에 세금계산서를 끊어 부가세를 받았다면 거래처와 정산이 필요합니다. 고물상처럼 폐지와 고철을 사 와서 되파는 사업은 폐지 매입 공제 정리를 보세요.
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자주 묻는 질문
의료폐기물 수집운반도 면세인가요?
시행령 제35조 제12호가 생활폐기물과 의료폐기물의 폐기물처리업 허가를 받은 사업자의 수집, 운반 및 처리용역을 열거합니다. 허가를 받은 사업자가 그 허가 범위에서 공급하는지가 요건입니다.
지금까지 사업장폐기물 용역을 면세로 신고해 왔다면요?
목록에 없는 용역을 면세로 처리했다면 과소 신고가 될 수 있습니다. 허가 종류와 계약 상대를 확인한 뒤 수정신고로 바로잡는 쪽이 가산세 면에서 유리합니다.
세무법인 서진(서울 여의도). 세무법인 하나(기장/신고), 회계법인 베율(회계 감사/검토), 법률사무소 백화(조세불복/쟁송)를 거쳤습니다. 처음 상담부터 신고까지 직접 확인합니다.
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