세금 Q&A, 이카운트
물건을 수입할 때 세관에 낸 부가세는 어떻게 매입세액 공제를 받나요?
확인 기준 2026.11.4, 작성/감수 이룡권 세무사
결론부터 세관은 수입 물건에 부가세를 걷을 때 수입세금계산서를 수입하는 사업자에게 발급하고(부가가치세법 제35조 제1항), 사업에 쓰려고 수입한 물건이라면 그 부가세를 수입 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제합니다(제38조 제1항 제2호, 제3항). 아직 팔지 못한 재고여도 사업에 쓸 목적이면 공제 대상이고 신고 때 수입세금계산서를 빠뜨리지 않는 것이 관건입니다.
내 경우도 같은지 궁금하다면 카카오톡으로 물어보기
한눈에 보기
| 항목 | 내용 (2026-11-04 기준) |
|---|---|
| 부가세 내는 곳 | 세관(관세를 신고 납부할 때 부가세도 함께, 부가가치세법 제50조) |
| 과세표준 | 관세 과세가격 + 관세, 개별소비세, 주세, 교육세, 농어촌특별세, 교통, 에너지, 환경세(제29조 제2항) |
| 세율 | 10%(제30조) |
| 서류 | 세관장이 발급하는 수입세금계산서(제35조 제1항) |
| 공제 시기 | 수입시기가 속하는 과세기간(제38조 제3항) |
| 납부유예 | 일정 요건의 중소, 중견사업자가 제조용 원재료를 수입하면 신청 가능, 신고 때 정산(제50조의2) |
세금 계산은 이렇게 흘러갑니다
예를 들어 관세 과세가격이 1,000만원이고 관세가 80만원이며 개별소비세 등 다른 세금이 없다고 가정하면, 부가세 과세표준은 1,080만원이고 부가세는 그 10%인 108만원입니다. 관세율은 품목마다 다르니 실제 금액은 통관 서류에서 확인하세요. 이 108만원은 관세와 함께 세관에 내고 세관이 발급한 수입세금계산서가 공제의 근거가 됩니다.
공제는 수입한 기간의 신고에서
매입세액 공제는 대금을 언제 치렀는지가 아니라 수입시기가 속한 과세기간을 기준으로 합니다(부가가치세법 제38조 제3항). 사업에 사용했거나 사용할 목적으로 수입한 재화라야 하니 개인용으로 들여온 물건이 섞였다면 그 부분은 공제 대상이 아닐 수 있습니다. 국내 관세사의 통관 수수료와 국내 운송료는 별개 거래라서 각 사업자가 발급하는 세금계산서를 따로 받아야 공제를 검토할 수 있습니다.
제조용 원재료는 납부유예가 있습니다
매출 대비 수출 비율 등 시행령이 정한 요건을 갖춘 중소, 중견 제조업체가 원재료 등을 수입할 때 미리 신청하면 세관 납부를 미루고 부가세 신고 때 정산할 수 있습니다(제50조의2). 요건 충족 여부는 별도 확인이 필요합니다. 구매대행처럼 고객 명의로 통관하는 구조는 수입 부가세 부담자가 고객일 수 있으니 구매대행 수수료와 판매 구분을 먼저 보세요.
함께 보면 좋은 질문
이런 업종이라면 함께 보세요
업종별로 먼저 확인할 것을 정리했습니다.
함께 보면 좋은 안내
자주 묻는 질문
세관에서 나중에 세액을 고치면요?
세관장이 과세표준이나 세액을 결정, 경정하거나 수입하는 자가 수정신고를 하는 경우 수정수입세금계산서가 발급되는 경우가 있습니다(제35조 제2항, 일부 사유는 제외). 받으면 신고서에 반영하세요.
수입 부가세는 원가에 넣나요?
공제받는 부가세는 원가가 아닙니다. 관세와 해외 운임은 원가에 들어갑니다. 자세한 구분은 수입 원가 구성을 보세요.
공제를 빠뜨렸는데 늦게 알았어요.
기한이 지났어도 경정청구나 수정신고로 바로잡을 수 있는 경우가 있습니다. 놓치기 쉬운 항목은 자주 빠뜨리는 매입세액에 정리했습니다.
세무법인 서진(서울 여의도). 세무법인 하나(기장/신고), 회계법인 베율(회계 감사/검토), 법률사무소 백화(조세불복/쟁송)를 거쳤습니다. 처음 상담부터 신고까지 직접 확인합니다.
세무사 소개 보기 →확인한 자료
내 상황에 맞춰 확인해 드립니다
플랫폼/업종, 정산 방식, 사업자등록 상태를 알려주시면 필요한 업무와 보수를 먼저 안내합니다.
첫 문의에는 주민등록번호, 계정 비밀번호, 전체 계좌번호를 보내지 마세요.