조심 2026인2801
토지와 함께 넘긴 이축권, 계약서에 가액이 없을 때 나누는 법

주문

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2020년 4월경 부동산 매매계약서 특약사항에 이축권(이하 “쟁점이축권”이라 한다)이 포함된 계약이라는 내용을 기재하여, 경기도 고양시 OOO 토지 및 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 매수인 AAA에게 OOO원에 양도하는 부동산 매매계약서를 작성한 후, 2020.4.17. 쟁점부동산을 양도(이하 “이 건 거래”라 한다)하고, 2020.4.27. 이 건 거래에 대하여 1세대1주택 비과세 특례를 적용하여 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 인천지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.12.18.∼2026.1.26. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 매수인 AAA가 쟁점부동산의 수용보상금 OOO원을 수령한 사실을 확인하고, 동 수용보상금을 쟁점부동산의 양도가액으로 보아, 매매계약서상 양도가액(OOO원)에서 수용보상금(OOO원)을 차감한 가액(OOO원, 이하 “쟁점금액”이라 한다)을 쟁점이축권의 양도가액으로 산출한 후, 쟁점이축권의 양도는 「소득세법」 제94조 제1항 제4호 마목에 따른 기타자산의 양도소득이므로 이에 대해서는 1세대1주택 비과세 특례 적용을 배제하여, 2026.3.11. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2026.5.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장

및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 청구인이 매수인 AAA에게 쟁점부동산과 쟁점이축권을 양도한 경위는 다음과 같다.

(가) 청구인은 쟁점부동산과 쟁점이축권을 「소득세법」상 특수관계인에 해당하지 않는 7촌 관계인 AAA에게 양도하였다. 청구인은 2006.11.6. 부친으로부터 토지를 증여받은 후 단독주택을 신축하여 거주하고 있었으나, 쟁점부동산이 OOO 역사 신축부지에 포함되어, 수용되고 나서 거주할 곳이 없어지는 상황이었고, 보상금으로는 부지를 마련하여 주택을 신축하기는커녕 그 근처에 이주하기도 어려운 상황이었다.

(나) 평범한 직장인인 청구인은 쟁점부동산 보상가액에 대한 이의신청 및 행정소송을 진행하는 것에 대해 심적인 부담을 느끼고 있었고, 그렇다고 건축이 가능한 토지를 알아보고 다시 집을 짓는 것도 용이하지 않았다. 쟁점부동산 소재지인 경기도 고양시 OOO 일대는 OOO으로 현재는 개발이 진행되어 뿔뿔이 흩어졌지만 청구인이 어렸을 때부터 수시로 왕래하며 한솥밥을 먹고 살았다고 해도 과언이 아닌 사이의 사람들이 거주하고 있었다. 따라서, 청구인의 처지를 딱하게 여긴 매수인 AAA는 당시 시가로 쟁점부동산을 매입하였으며, 새로운 주택을 건축할 형편이 아니었던 청구인은 매매계약서를 작성하면서 본인에게 부여된 쟁점이축권을 이전하는 특약을 기재하였다.

(다) 청구인은 추억이 담긴 집이 강제로 수용되어 다른 곳으로 이사를 해야만 했고, 건축 부지를 알아보고 따로 건축을 할 수 없는 처지로, 청구인에게 쟁점이축권은 아무런 가치가 없었기에, 쟁점부동산 매매대금을 OOO원으로 정하였다.

(2) 청구인과 매수인 AAA 사이에 작성한 매매계약서상 쟁점부동산의 양도가액과 쟁점이축권의 양도가액이 특정되지 않고, 달리 쟁점부동산의 양도가액과 쟁점이축권의 양도가액을 산정할 자료가 없으므로, 세법에서 정한 방법으로는 취득가액을 산정할 수 없고, 그에 따른 정당한 세액을 산출할 수 없으므로, 이 건 처분은 취소되어야 한다.

(가) 2019.12.31. 법률 제16834호로 개정된 「소득세법」 제94조 제1항 제4호 마목에 따르면, 부동산과 함께 양도하는 이축권의 양도로 발생하는 소득은 원칙적으로 ‘기타자산의 양도소득’으로 분류되고, 예외적으로 이축권 가액을 감정평가하여 신고하는 경우에는 ‘기타소득’으로 과세하도록 규정하고 있다.청구인의 경우 매매계약 체결 당시 쟁점이축권에 대하여 감정평가기관을 통한 별도의 감정평가를 실시하지 않았고, 양도소득세 신고 시에도 쟁점이축권 가액을 분리하여 기타소득으로 신고하지 않았다. 따라서, 청구인이 양도한 쟁점부동산과 쟁점이축권의 양도거래는 그 전체가 양도소득세 과세 대상인 자산의 양도로 보아야 한다.

(나) 「소득세법」 제100조 제2항은 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 실지거래가액의 구분이 불분명할 때에는 임의의 뺄셈이 아니라, 반드시 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산하도록 강제하고 있고, 또한 같은 조 제3항은 납세자가 가액을 임의로 구분 기장하였다 하더라도, 그 가액이 법정 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 나는 경우에는 가액 구분이 불분명한 때로 간주하여 강제로 안분계산 규정을 적용하도록 명시하고 있다.「소득세법 시행령」 제166조 제6항 및 「부가가치세법 시행령」 제64조는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때에는 감정평가액, 기준시가, 장부가액을 기준으로 안분하도록 규정하고 있으나, 이 건은 단순한 토지와 건물의 일괄거래가 아니라 '이축권'이라는 무형의 권리가 결합된 일괄거래라는 특수성이 존재한다. 토지의 경우 개별공시지가가 존재하고, 건물의 경우 국세청장이 매년 산정 고시하는 건물 기준시가가 존재하여 그 비율계산이 명확한 반면, 이축권은 「소득세법」 제99조에 따른 기준시가 산정 규정 자체가 존재하지 않는 무형의 권리이므로 감정평가액이 안분계산의 유일한 방법이라고 볼 수 있다.처분청이 납세자의 신고를 부인하기 위해서는 세법에 규정된 객관적 안분계산 절차를 따라야 하나, 처분청은 소급감정을 의뢰하지도 않고, 임의로 매매계약서상 양도가액(OOO원)에서 수용보상금(OOO원)을 차감한 가액(OOO원)을 쟁점이축권의 양도가액으로 하고, 쟁점이축권의 취득가액을 0원으로 하여 청구인에게 양도소득세를 부과하였는바, 이는 조세법률주의를 위반한 부당한 처분이다.

(다) 결론적으로 청구인과 매수인 AAA 사이에 작성한 매매계약상 쟁점부동산의 양도가액과 쟁점이축권의 가액이 특정되지 않고, 달리 쟁점부동산의 양도가액과 쟁점이축권의 양도가액을 산정할 자료가 없으므로, 세법에서 정한 방법으로는 취득가액을 산정할 수 없고, 그에 따른 정당한 세액을 산출할 수 없으므로, 이 건 처분은 취소되어야 한다.

(라) 처분청은 차감법에 의한 계산이 실질과세원칙에 부합한다는 의견이나, 이 건 거래의 실질은 특수관계인에 해당하지 아니하는 사인 간에 쟁점부동산과 쟁점이축권을 일괄적으로 OOO원에 양수도하였다는 것이지, 양도가액에서 수용가액을 제외한 차액이 쟁점이축권의 실질가액이라는 것은 지나친 확대·유추해석이다.

(마) 한편, 매수인 AAA는 주택의 취득세 과세표준을 OOO원으로 하여 취득세를 신고·납부하였는데, 이러한 사실을 볼 때 당사자들은 쟁점이축권의 권리가액은 인정하지 않고 있음을 알 수 있다.

나. 처분청 의견(1) 「소득세법」상 부동산과 함께 양도된 쟁점이축권은 기타자산의 양도소득으로 과세되어야 한다.2019.12.31. 법률 제16834호로 개정된 「소득세법」 제94조 제1항 제4호 마목에 따르면, 이축권은 부동산과 분리하여 거래되기 어려운 특성을 반영하여, 부동산과 함께 양도되는 이축권에 대해서는 기타자산의 양도소득으로 과세하도록 규정하고 있다. 다만, 부동산과 함께 양도하는 경우라도 감정평가하여 별도로 신고한 경우에는 기타소득으로 과세하도록 규정하고 있다. 한편, 이축권만을 별도로 양도하는 경우에는 「소득세법」 제21조에 따라 기타소득으로 과세되는 것이다.

(2) 청구인의 주장을 반박하면 다음과 같다.

(가) 청구인은 매매계약서상 쟁점이축권의 가액을 구분하지 않아, 쟁점이축권 가액을 산정할 자료가 없으므로 이 건 처분이 부당하다고 주장하나, 청구인의 주장대로라면 부동산과 함께 이축권을 양도하면서 이축권 가액을 구분 기재하지 아니한 납세자와 이축권 가액을 구분 기재하고 기타자산의 양도소득으로 신고한 납세자 간에 형평성 문제가 발생한다.

(나) 청구인과 매수인 AAA가 쟁점부동산의 보상가액을 인지하고 있는 상황에서, 매수인 AAA는 곧 철거되어 이용하지 못하게 될 쟁점부동산을 보상가액보다 훨씬 고가에 매수할 이유가 없으므로, 매매계약서상 양도가액(OOO원)과 보상가액(OOO원)의 차액(OOO원)은 쟁점이축권의 양도가액으로 보아야 한다.한국부동산원은 쟁점부동산에 대한 3개 감정평가기관의 감정가액 평균액(OOO원, ＜표1＞ 참조)을 협의 보상가로 선정하여 청구인에게 보상 협의요청을 하였으나, 청구인은 중앙토지수용위원회에 수용재결을 신청하였고, 2020.4.9. 중앙토지수용위원회의 수용재결에 따라 일부 증액된 OOO원으로 보상가액이 결정되어, 2020.6.3. 매수인 AAA가 보상금을 수령하였는바, 매수인 AAA는 보상가액을 인지하고 있었다.＜표1＞ 쟁점부동산의 감정평가액(단위 : 원)○○○또한, 조사청 조사과정에서 청구인은 매수인 AAA가 보상계획 및 보상가액을 인지하고 있었다고 진술하였다.

(다) 조사청은 조사 당시 청구인에게 쟁점이축권 가액의 산정근거에 대하여 소명자료를 요구하였고, 청구인은 이를 제출하지 아니하다가, 조사 막바지에 이르러 쟁점이축권 가액이 OOO원이라고 주장하면서 이축권 매매계약서를 제출하였으나, 심판청구 시에는 쟁점이축권 가액을 산정할 근거가 없다며 주장을 번복하고 있다.

(라) 따라서, 청구인이 매매계약서에 쟁점이축권 가액을 별도 기재하지 않았더라도, 양도가액 중 수용보상금을 초과하는 부분을 쟁점이축권 대가로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 실질과세 원칙에 부합한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점쟁점금액을 쟁점이축권의 양도가액으로 보아 양도소득세를 부과한 처분의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실들이 확인된다.

(가) 청구인은 2020년 4월 매수인 AAA와 쟁점부동산을 OOO원에 양도하기로 하는 부동산 매매계약서를 작성하였으며, 동 계약서 특약사항에는 ‘현 상태의 매매계약이며, 이축권리도 포함된 계약임’이라는 문구가 기재되어 있다.

(나) 쟁점부동산의 등기부에 따르면, 쟁점부동산은 2020.4.13. 매매를 원인으로 2020.4.17. 소유자를 매수인 AAA으로 하여 소유권이전되었고, 2020.6.3. 수용을 원인으로 하여 소유자를 국토교통부로 하여 소유권이전되었다.

(다) 처분청이 제출한 자료는 다음과 같다.1) 처분청은 조사청이 조사 당시 청구인에게 쟁점이축권 가액의 산정근거에 대해 소명자료를 요구하였고, 청구인은 이를 제출하지 아니하다가, 조사 막바지에 이르러 쟁점이축권 가액이 OOO원이라고 주장하면서 이축권 매매계약서를 제출하였으나, 심판청구 시에는 쟁점이축권 가액을 산정할 근거가 없다며 주장을 번복하고 있다는 의견을 제시하면서, 조사 과정에서 청구인이 제출한 ‘이축권 매매계약서’를 제출하였으며, 동 계약서에는 “이축권 매도에 대한 매매대금은 OOO원으로 한다”고 기재되어 있다.2) 매수인 AAA는 청구인으로부터 쟁점부동산을 취득한 후, 경기도 고양시 OOO 지상에 단독주택을 건축하는 내용으로 2020.4.27., 2020.7.6. 경기도 고양시 덕양구청장에게 건축허가신청서와 착공신청서를 각 제출하였으며, 2021.1.13. 사용승인신청서를 제출하였다.3) 청구인의 문답서 주요 내용은 아래 ＜표2＞와 같다.＜표2＞ 청구인의 문답서(주요 내용 발췌)○○○(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 매매계약서상 쟁점부동산 가액과 쟁점이축권 가액이 특정되어 있지 않고, 달리 쟁점부동산 가액과 쟁점이축권 가액을 산정할 자료가 없어, 세법에서 정한 정당한 세액을 산출할 수 없으므로 이 건 처분은 취소되어야 한다고 주장하나, 「소득세법」 제94조 제1항 제4호 마목은 ‘같은 항 제1호의 자산(토지 또는 건물)과 함께 양도하는 이축권’의 양도로 발생하는 소득을 기타자산의 양도소득으로 규정하고 있는바, 매매계약서 특약사항에 쟁점이축권도 포함된 계약이라는 문구가 명시되어 있는 등 청구인은 쟁점부동산과 함께 쟁점이축권도 양도한 것으로 보이는 점, 한국부동산원은 쟁점부동산에 대한 3개 감정평가기관의 감정가액 평균액(OOO원)을 협의보상가로 선정하여 청구인에게 보상에 관한 협의 요청을 하였고, 청구인은 중앙토지수용위원회에 수용재결을 신청하여, 2020.4.9. 중앙토지수용위원회의 수용재결에 따라 OOO원으로 보상가액이 결정되어 2020.6.3. 매수인 AAA가 동 금액을 수령한 것으로 나타나므로, 청구인과 매수인 AAA는 매매계약서 작성시점(2020년 4월)에 보상시기와 보상가액을 인지하고 있었던 것으로 보이고, 매매계약서 작성시점(2020년 4월)과 수용보상금 수령시점(2020.6.3.)의 시차가 크지 않은 점을 고려할 때, 처분청이 쟁점부동산에 대한 보상가액을 쟁점부동산의 양도가액으로 보아 매매계약서상 양도가액(OOO원)에서 쟁점부동산의 보상가액(OOO원)을 차감한 가액(쟁점금액)을 쟁점이축권 양도가액으로 산정한 것은 무리가 없어 보이는 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 소득세법제21조(기타소득) ① 기타소득은 이자소득ㆍ배당소득ㆍ사업소득ㆍ근로소득ㆍ연금소득ㆍ퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.7. 광업권ㆍ어업권ㆍ양식업권ㆍ산업재산권ㆍ산업정보, 산업상 비밀, 상표권ㆍ영업권(대통령령으로 정하는 점포 임차권을 포함한다), 토사석(土砂石)의 채취허가에 따른 권리, 지하수의 개발ㆍ이용권, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리를 양도하거나 대여하고 그 대가로 받는 금품제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)

나. 지상권다. 전세권과 등기된 부동산임차권3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득가. 주권상장법인의 주식등으로서 다음의 어느 하나에 해당하는 주식등나. 주권비상장법인의 주식등. 다만, 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권비상장법인의 대주주에 해당하지 아니하는 자가 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제283조에 따라 설립된 한국금융투자협회가 행하는 같은 법 제286조 제1항 제5호에 따른 장외매매거래에 의하여 양도하는 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 중견기업의 주식등은 제외한다.

다. 외국법인이 발행하였거나 외국에 있는 시장에 상장된 주식등으로서 대통령령으로 정하는 것4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산(이하 이 장에서 "기타자산"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득가. 사업에 사용하는 제1호 및 제2호의 자산과 함께 양도하는 영업권(영업권을 별도로 평가하지 아니하였으나 사회통념상 자산에 포함되어 함께 양도된 것으로 인정되는 영업권과 행정관청으로부터 인가·허가·면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함한다)

나. 이용권·회원권, 그 밖에 그 명칭과 관계없이 시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자보다 유리한 조건으로 이용할 수 있도록 약정한 단체의 구성원이 된 자에게 부여되는 시설물 이용권(법인의 주식등을 소유하는 것만으로 시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자보다 유리한 조건으로 시설물 이용권을 부여받게 되는 경우 그 주식등을 포함한다)

다. 법인의 자산총액 중 다음의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인의 과점주주(소유 주식등의 비율을 고려하여 대통령령으로 정하는 주주를 말하며, 이하 이 장에서 "과점주주"라 한다)가 그 법인의 주식등의 100분의 50 이상을 해당 과점주주 외의 자에게 양도하는 경우(과점주주가 다른 과점주주에게 양도한 후 양수한 과점주주가 과점주주 외의 자에게 다시 양도하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우를 포함한다)에 해당 주식등라. 대통령령으로 정하는 사업을 하는 법인으로서 자산총액 중 다목1) 및 2)의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 80 이상인 법인의 주식등마. 제1호의 자산과 함께 양도하는 「개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법」 제12조 제1항 제2호 및 제3호의2에 따른 이축을 할 수 있는 권리(이하 "이축권"이라 한다). 다만, 해당 이축권 가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 별도로 평가하여 신고하는 경우는 제외한다.제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.1. 취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것(2) 소득세법 시행령제158조의2(양도소득에서 제외되는 이축권의 범위) 법 제94조 제1항 제4호 마목 단서에서 “대통령령으로 정하는 방법에 따라 별도로 평가하여 신고하는 경우”란 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 둘 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액)을 구분하여 신고하는 경우를 말한다.

(3) 개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법제1조(목적) 이 법은 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제38조에 따른 개발제한구역의 지정과 개발제한구역에서의 행위 제한, 주민에 대한 지원, 토지 매수, 그 밖에 개발제한구역을 효율적으로 관리하는 데에 필요한 사항을 정함으로써 도시의 무질서한 확산을 방지하고 도시 주변의 자연환경을 보전하여 도시민의 건전한 생활환경을 확보하는 것을 목적으로 한다.제12조(개발제한구역에서의 행위제한) ① 개발제한구역에서는 건축물의 건축 및 용도변경, 공작물의 설치, 토지의 형질변경, 죽목(竹木)의 벌채, 토지의 분할, 물건을 쌓아놓는 행위 또는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제2조 제11호에 따른 도시ㆍ군계획사업(이하 “도시ㆍ군계획사업”이라 한다)의 시행을 할 수 없다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(이하 “시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)의 허가를 받아 그 행위를 할 수 있다.2. 개발제한구역의 건축물로서 제15조에 따라 지정된 취락지구로의 이축(移築)3의2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제4조에 따른 공익사업의 시행에 따라 철거되는 건축물 중 취락지구로 이축이 곤란한 건축물로서 개발제한구역 지정 당시부터 있던 주택, 공장 또는 종교시설을 취락지구가 아닌 지역으로 이축하는 행위